Illumina微珠芯片作为全球第三代基因芯片技术的代表，以其完全不同于传统芯片的技术成为芯片界的后起之秀，亦是目前世界上信息量和精确度最高及最为灵活性的顶级基因分型和基因表达研究平台，现已广泛应用于物种之间的差异基因筛选、分子病理学研究、临床药物筛选、人类种族迁移和新药开发等领域。

mRNA表达谱芯片性能：

样本量低：单次反应最低需50ng总RNA；

表达差异检测范围：≤1.35倍；

重复性指标：r²≥0.99；

精度：<10％；

最低检出限度：1*10⁴分子；

通量范围：>3 logs；

检测灵敏度：<1：250，000

Micro RNA表达谱芯片性能：

样本量低：单次反应最低需200ng总RNA；

高通量：一次可进行96个样品的SAM大芯片或12样小芯片实验；

最低检出限度：1*10⁴分子；

表达差异检测范围：≤1.3倍；

通量范围：>2.5 logs；

重复性指标：r²≥0.97

基因分型芯片性能：

样本量低：单次反应最低需250ng DNA；

检出率高：SNP检出率（Call Rate）>99％；

重复性高：重复性大于99.9％，HAPMAP覆盖率大于99％

DNA甲基化芯片性能：

低样本量：单次反应最低仅需500ng DNA样本（亚硫酸氢盐处理后）；

高通量：一次可进行96个样品的SAM大芯片或12样小芯片实验；

重复性高：r²≥0.98